שעון נוכחות הוא כלי יעיל לחישוב שכר העובדים במקומות בהם מנוהל שעון נוכחות. יחד עם זאת, חשוב לוודא טרם בחירת שעון נוכחות מתאים לארגון, שתוכנת השכר יודעת "לדבר" כמו שצריך עם מערכת הנוכחות שבחרתם להתקין בארגון. תוכנת שכר בארגון שלא מכירה טכנולוגית שעון נוכחות רלוונטית, לא תהיה יעילה, לכן, במידה וניתן, חשוב לבחור בתוכנת שכר רלוונטית מתאימה, כך שתהיה מסוגלת לקלוט את נתוני הנוכחות ממערכת שעון נוכחות מתאימה. נתוני הנוכחות הדרושים לצורך חישוב שכר, מורכבים משעת כניסה, שעת יציאה, יציאה להפסקות וכדומה.
למערכת שעוני נוכחות יתרונות רבים והטמעת מערכת זו בשילוב עם תוכנת ניהול שכר ?המדברת? עם שעון הנוכחות, תייעל את הארגון בכלל ואת תהליך חישוב השכר בפרט. בצורה זו, שעון נוכחות ותוכנת שכר מתאימה עוזרים לנצל את הזמן. מעבר לכך, חשוב לציין כי אחד היתרונות הבולטים הוא שטעות האנוש בהכנת המשכורות מוקטנת, שכן מערכת ממוחשבת היא זו שאחראית על חישוב שכר העובד במדויק, ובהתאם לשעות העבודה בפועל של העובדים.
ארגון בהגדרתו הינו חברה גדולה אשר לה לא מעט עובדים. בעוד שחברות קטנות מרשות לעצמם לעיתים ניהול ידני של דיווחי השעות בעזרת גיליונות נתונים, מחברות ואמצעים ידניים אחרים, ארגונים גדולים אינם יכולים לעשות כן בשל הזמן אשר טיפול כזה יכול לדרוש כמו גם כמות כח האדם היקרה אשר תדרש לצורך חישוב שעות חודשי עבור כמות עובדים שאינה מבוטלת.
ארגונים גדולים עושים שימוש במערכות מורכבות לניהול העסק. אחת מהמערכות החשובות האלו היא מערכת ניהול עובדים. בצד ניהול הזמן, ניהול זמנים לעובדים משמש להזרמת נתונים לתוכנת ניהול השכר וזו יכולה לחשב שכר יומי מבוסס שעות עבודה בצורה מדויקת ומהימנה. חישוב שכר על-ידי מערכות שעוני נוכחות מתקדמות, עשויה לחסוך בעלויות ולנצל את הזמן ביעילות.